對(duì)于篩選到的多肽序列，可以通過(guò)：多位點(diǎn)掃描隨機(jī)多肽文庫(kù)、對(duì)多肽序列進(jìn)行優(yōu)化，篩選到活性更強(qiáng)的多肽序列。
單位點(diǎn)掃描矩陣的設(shè)計(jì)比較簡(jiǎn)單。多肽某個(gè)選定的區(qū)域或位點(diǎn)被系統(tǒng)地用其他氨基酸替換，這類肽庫(kù)有助于研究人員發(fā)現(xiàn)在某個(gè)特定位置上具有特殊影響或活性的特定區(qū)域。
多位點(diǎn)掃描隨機(jī)多肽文庫(kù)相對(duì)比較復(fù)雜。此多肽文庫(kù)的設(shè)計(jì)是以20種天然氨基酸通過(guò)鳥(niǎo)槍式法（shotgun approach）同時(shí)地、隨機(jī)地取代被選擇的氨基酸殘基。此多肽文庫(kù)在被選擇的氨基酸中構(gòu)建了盡可能多的突變。這類文庫(kù)可篩選到活性增強(qiáng)的多肽序列。此方法設(shè)計(jì)的多肽文庫(kù)，庫(kù)容大且篩選工作量大，同時(shí)進(jìn)行三位點(diǎn)的篩選其庫(kù)容即達(dá)到8000條。采用peptidegoTM專有組合化學(xué)策略，可以大大降低多肽合成數(shù)量及篩選工作量，對(duì)于三位點(diǎn)的篩選，其篩選工作量和多肽的生產(chǎn)費(fèi)用可降低至800條。采用peptidegoTM專有組合化學(xué)策略，使更多位點(diǎn)同時(shí)掃描成為可能。
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